Методика проведения почерковедческой экспертизы включает в себя несколько этапов:

1. Предварительное изучение поступивших данных;
2. Индивидуальный анализ исследуемой документации и образцов;
3. Исследование при помощи сравнения;
4. Оценка и анализ результатов исследования.

На этапе предварительного исследования проверяется соблюдение правил оформления поступивших материалов на почерковедческую экспертизу. Если они оформлены не правильно, то подлежат возвращению. Сверяется перечень предоставленных документов с документами, перечисленными в постановлении исследуемых документов, проверяется наличие ошибок в указании их реквизитов, конкретно ли установлены в постановлении необходимые объекты исследования в данных документах. При исследовании образцов проверяется их качество и нужный объем.

Изучение списка вопросов дает возможность оценить величину задания и конкретные его задачи. Если вопросы сформулированы неграмотно в редакционном и логическом отношении, то они могут быть переформулированы специалистом экспертом с сохранением их смысла и содержания, и объема задания. При необходимости получения дополнительных материалов, экспертом может быть сделан запрос. На этом же этапе проверяется, использовались ли технические способы подделки подписей, например сканирование и ксерокопирование.

Если обнаружены данные признаки, то почерковедческая экспертиза не проводится.На этапе индивидуального анализа исследуемой документации и образцов по методике проведения почерковедческой экспертизы изучаются идентификационные признаки в анализируемой документации и образцах, при этом оценивается их частота встречаемости, вариационность, устойчивость. При исследовании устойчивости признаков, обращается внимание на частоту повторения признаков в тексте, замедленные движения и т.д. признаков свидетельствующих об намеренно изменении почерка или подписи.Согласно методике проведения почерковедческой экспертизы для идентификации лица по почерку имеют значение такие признаки как корреляция, то есть возникновение одного признака влечет за собой возникновение другого признака.По методике проведения почерковедческой экспертизы при сравнительной экспертизе сопоставляются выявленные частные и общие идентификационные признаки. При сравнении используются только те признаки, которые были выявлены при раздельном исследовании как устойчивые или являющиеся вариантами данного почерка.